Des fouilles archéologiques ont mis au jour des vestiges d'objets fabriqués montrant qu'on cultivait le maca dans les Andes vers 1600 avant notre ère, c'est-à-dire bien avant les Incas. Le tubercule était d'abord et avant tout cultivé pour sa valeur nutritionnelle. On le consommait frais, comme la patate douce, mais on le séchait également dans le but de le conserver. Les tubercules séchés étaient réduits en une poudre qui pouvait se conserver durant des années. Encore de nos jours, des Péruviens des hauts plateaux consomment en moyenne 500 g de maca par jour. Selon la médecine traditionnelle péruvienne, le tubercule séché de la MACA a des vertus médicinales le rendant utile dans le traitement des troubles de la sexualité et de la reproduction, et pour stimuler le système immunitaire, traiter l'anémie, la tuberculose, les troubles menstruels, atténuer les symptômes de la ménopause et améliorer la mémoire. Lorsque les premiers éleveurs espagnols s'installèrent au Pérou, les indigènes leur conseillèrent de donner des tubercules de maca aux animaux qui avaient du mal à se reproduire. La culture des tubercules connut alors un remarquable essor et s'étendit de l'Équateur jusqu'au nord de l'Argentine. Au cours des années 1960 et 1970, le développement de l'agriculture industrielle et des réseaux de distribution entraîna l'abandon progressif de la culture du maca. En 1982, l'International Board for the Protection of Genetic Resources (Conseil international pour la protection des ressources génétiques) déclarait que la plante était en voie d'extinction et les autorités péruviennes lancèrent des programmes incitatifs encourageant à reprendre cette culture traditionnelle.
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